尊龍凱時(shí)人生就博全外顯子測(cè)序分析流程全外顯子測(cè)序和全基因組測(cè)序1。 100 bp Paired end sequencing何如貫通呢？原委各樣處置之后，上測(cè)序儀測(cè)序 的是各樣○ ?長(zhǎng)度的 DNA片斷，這句話說(shuō)的是測(cè)序的計(jì)劃——每個(gè)片斷都市測(cè)前100bp和后100bp，一共200bp的長(zhǎng)度。2。 “Following t ▽△argeted enric =hment” 傾向富集是什么旨趣呢？原始樣本提取的DNA是全基因組的DNA，以是信任會(huì)有一個(gè)傾向區(qū)域捉拿的經(jīng)過(guò)(外顯子區(qū)域)全外顯子測(cè)序和全基因組測(cè)序。因?yàn)槎鷾y(cè)序道理的特質(zhì)，片斷必要擴(kuò)增(富集)。3。 “fold”是什么旨趣呢，“at least 80% of ▽the □exome cove red mo=re th an 30 times” 遮蓋了起碼30倍，這個(gè)有什么道理呢？fold的旨趣是“深度”，好比10M的基因組，你測(cè)了1G，那么= 均勻?△ ?○ 深 度 便是100X，然而測(cè)序是有偏好性的，以是數(shù)據(jù) 不是 正 在基因 組上 ★ 均勻分散的。好比正在某一區(qū)域，測(cè)序到達(dá)了500X，然而■別的一個(gè)區(qū) 域惟有□10X，以是“at least 80% of ○the e★x■ome cover▽?e d more than 30 times”的旨趣是起碼80%的區(qū)域正在30X以上。4。 “discard a n★y reads that can be mapped to more t han one location” 為什么要棄掉m○ap橫跨一個(gè)位點(diǎn)的read▽呢？不懂因由……這個(gè)題目思要弄大 白最好解析比對(duì)的算法，我簡(jiǎn)便答復(fù)一下。開(kāi)始，mapping經(jīng)過(guò) 是?必 △需承諾mismatch△的，不是要全體類似才算map上(假如是云云，是不行檢測(cè)出變異的)，那么就存正在一個(gè)題目，尊龍凱時(shí)AAATTT，基因組有兩個(gè)區(qū)域，分辨是 CCCTTT和 ★AAA G GG，都是 三個(gè)mism at ch，你以為該比對(duì)到哪一個(gè)區(qū)域 呢？比對(duì)到前者，變異爆發(fā)正在前三個(gè)bp，比對(duì)到后者，變異爆發(fā)正在 后…三個(gè)bp 全外顯子測(cè)序和全基因組測(cè)序○，可睹分○歧的采取分別至極大，不行隨便做出采…取○以 是利落舍棄掉，避免假陽(yáng)性過(guò)高。有極少軟件有算法計(jì)?劃 事?實(shí)map到哪 一○個(gè)區(qū)域，然而我局部感觸并不靠譜。反復(fù)區(qū)域比例高的基因組通常會(huì)有這種題目全外顯子 測(cè)序和全基因組測(cè)序。5。有沒(méi)有大神 …梗概講下s amt ools，GATK aligner給掃下盲？samt…ool s用得較…眾，網(wǎng)上有許眾詳解，可能我方找一下看看。尊龍凱時(shí)GATK是基 因 組剖析的一整套器■械，性能很重大，尊龍凱時(shí)官網(wǎng)上先容至極詳明，以至有教何如已畢剖析全外顯子 測(cè)序=剖析流程…，可能我方上去看看。思要學(xué)會(huì)何如用得我方查，我正在這里是講不了的。6。 “a P■hr ed q uality s▽c=o □r▽e”是什么旨趣呢？這是堿基的質(zhì)地值，測(cè)序儀測(cè)出來(lái)的數(shù)據(jù)不△是全體準(zhǔn)確… 的，原始 數(shù)據(jù)中有每個(gè)堿基的質(zhì)地新聞，質(zhì)地值沒(méi)有什么道理，但它可能換算成堿 基謬誤率，質(zhì)地值30對(duì)應(yīng)99。9%的準(zhǔn)確率。7。deleted non-e△x○o○nic variants不是全外顯子測(cè) 序嗎，為什么還會(huì)有非外顯子○的序列呢？捉拿 外顯子 ★區(qū)域的舉△措題目。

　　3。fold是指×，The mean ?exome coverage was 89 fold應(yīng)當(dāng)是說(shuō)均勻的測(cè)序深度是89×，測(cè)序深度是指：指測(cè)序取得的總堿基數(shù)與待 測(cè)基因組巨細(xì)○ 的比值。假設(shè)一個(gè)基因巨細(xì)為2M，測(cè)序深度為10X，那么得 回的總數(shù)○據(jù)量為20M，以是應(yīng)當(dāng)是指得回的數(shù)據(jù)量，這方面我也不是很懂！

　　你后○面的幾個(gè)…題目都不是簡(jiǎn)便的 文字可能疏解給你的，創(chuàng)議和市?情上的極少測(cè)序 公司接觸 一下，前期可能和出賣疏通，等你對(duì)測(cè)序的極少基礎(chǔ)學(xué)問(wèn)解析之后全外顯子測(cè)序剖析流程，再跟工夫支柱去疏通一下，當(dāng)然對(duì)待○極少生物新聞剖○析方★面的實(shí)△質(zhì) 要和生物新聞剖析職員疏通才行。以是，你假 使思弄…理解以 上你問(wèn)的幾個(gè)題 目，純正的通過(guò)發(fā)這個(gè)帖子信任 是不太實(shí)際。