音訊了解從測序的下機(jī)數(shù)據(jù)（raw data）入手下手。原始…下機(jī)數(shù)據(jù)（■raw data）中會(huì)包括接！

　　頭源自○文?庫ad□a p…ter）序列、測序質(zhì)地很低的堿基、未測★出…?的堿○■▽基（以 N□ 示意=），這會(huì)對后續(xù)的信！

　　息了解形成很大的滋擾，以是，最先必要對原始下機(jī)數(shù) 據(jù)（raw ■ ○data）實(shí) 行□□△過濾獲得 c★ ★□l e□an？

　　質(zhì)地及格的基因組 DNA 樣 品通過超聲波高職能樣品★經(jīng)管=編制（Covaris）隨機(jī)打斷成 主峰是 200bp-=300bp 控制的片 斷。隨后實(shí)△行 DNA □ 片 斷終□局修復(fù)，3’端加上“A”堿基，兩頭 加上文庫接頭。接頭貫□ 串后 ○的文 庫 …實(shí) ?行★○線■ 性擴(kuò) 增□ （LM-△ P CR ）制■ 備?成雜□交文▽ 庫。取適量的 雜交文庫與外顯子芯片實(shí)行拘捕富集 全外顯子測序了解流程，洗脫掉未富集的=片斷○后實(shí) 行擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)品經(jīng)○ Agilent 2100 bioanal yze○r 儀器（Agilent DNA 1000 R○eag○ents）和 QPCR 質(zhì)控，質(zhì)控及格后即 可上機(jī)測序< st★rong>▽ 全外顯子測序了解流程。咱們行使 Illu mi na H?iSe q □系列=平▽臺，對每個(gè)及格的文庫實(shí)…行高通■量測序尊龍凱時(shí)，并保 證每…個(gè)樣品 的 數(shù) 據(jù)量達(dá)標(biāo)全外顯子測序分析尊龍凱時(shí)流程。測序獲得的原始圖像數(shù)據(jù)，尊龍凱時(shí)人生就博經(jīng) Illum○ina○ 堿基識別軟件（Base Calling）轉(zhuǎn)化 為原始序列數(shù)據(jù)（raw★ r eads），即雙終局 reads（ pai ○red-end reads）尊龍凱時(shí)，數(shù)據(jù) 以 F ASTQ =▽○ □文獻(xiàn)款式存儲(chǔ)，稱之為 ra w da t…a。

　　每個(gè)樣品的測序深度、籠蓋度、比對○ 率 ▽▽□等 □ 評=判★目標(biāo)實(shí) 行統(tǒng)計(jì)。尊龍凱時(shí)人生就博 為了擔(dān)保高質(zhì)地的測！

　　識別變異否顯現(xiàn)正在dbsnp庫v141中或者確定其正在千人基因組項(xiàng)目中的次等位基因頻率=maf是否低于1或者確定編碼區(qū)非同義突變的snps的sift值是否小于005或者變異的頑固性預(yù)測值ge rp值是否大于2或其它說明音訊等！

　　到 BAM○ 款式的最初△的比對□結(jié) 果文獻(xiàn)。為了確保變異檢測=的精準(zhǔn)性，咱們服從 G A▽ …TK 官方？