第二階段為變異識(shí)別。以人類基因組（GRCｈ3７)和ｄbＳNP數(shù)據(jù)庫(kù)（releaｓe 13２外顯子捕捉測(cè)序的 道理全外顯子組測(cè)序，buiｌ d 37）動(dòng)作參?考序列，運(yùn)用GＡＴK“Uｎｉ△ fied Ｇneｏtyｐer”器材照料第一階段 天生的□結(jié)果，識(shí)別兩 個(gè)樣 本單核苷酸變異(SNV）和插入/缺失變異?！埃課ifｉedG ｅnotyｐ○ ｅｒ”的參數(shù)“stａnｄ _ｅ mit_ co○nf”和“stａｎ★▽d■_cａｌｌ＿c ｏ n■f”均運(yùn)用30。0，尊龍凱時(shí)以疏忽掃數(shù)低質(zhì)料（Ｐhred－△?b○ａs○ed＜30）的變異，若有基因型未能○識(shí)別均○符號(hào)為“Ｎ”。

　　參考GATK發(fā)起的第二代測(cè)序變異?識(shí)別和=…基因分型=辦法框架[3， ４]，咱們打算了本試驗(yàn)全外顯子組…闡明流程圖 (圖1），共分三個(gè)階段。

　　藍(lán)色矩形：輸入或輸出文獻(xiàn)；黃色橢圓：運(yùn)用的軟件名稱；血色菱形！條款決斷；白色圓框：闡明辦法；實(shí)線箭頭：各階段內(nèi)部法式運(yùn)轉(zhuǎn)宗旨；虛線箭頭：各階段間法式運(yùn)轉(zhuǎn)宗旨全外顯子組測(cè)序遺傳病檢測(cè)外顯子捕獲測(cè)序的原理外顯子組測(cè)序試劑盒說明書尊龍凱時(shí)。第一階 ○★段 ?■為▽外…顯 ○子 組 □=原 ■始▽數(shù) 據(jù) ?照○料；第二階段為變異識(shí)別；第三階段○■△為變異結(jié)果統(tǒng)計(jì)和質(zhì)料評(píng)議。)動(dòng)作樣本舉行較量。此兩個(gè)樣本均運(yùn)用▽NiｍbleGｅｎ? S eqC ap EZ Exｏme probes (v１。0)舉行外顯子捕捉全外顯子組測(cè)序 遺傳病檢測(cè)，并正在 Illuminａ? Gｅｎｏmｅ Analyzer IIx測(cè)序儀上采用★76-bp雙結(jié)尾測(cè)序手段（Pａｉｒeｄ－Ｅnd Sｅquｅnｃing）舉行測(cè)序[2］，共劃分天=生１3．○□4GB和□17。0GBFaｓtｑ式樣的數(shù)據(jù)全外顯子組測(cè)序。

　　第一階段為外顯子組 原始★數(shù)據(jù)照料。開始，對(duì)兩破例顯子組數(shù)據(jù) 劃分用FASTＸ－Ｔ▽ooｌk?ｉt○（v。0．▽0．1３）［5］和Tr?ｉmmomatic(ｖ0。2０)[6]舉行預(yù)照料，并設(shè)無預(yù)照 ?料 對(duì)比組（w/o ｐrｅ-ｐｒocｅｓs ｉng)。預(yù)照料辦法包羅測(cè)序接?頭/引物○的剪切(所用引物序列睹外1)全外顯子組測(cè)序、根據(jù)堿基質(zhì)料裝扮和過濾低質(zhì)=料原始序列（界說質(zhì)料值小于20為低質(zhì)料）和濾過人工產(chǎn)品。因?yàn)楱岊A(yù)照料 會(huì) 將原長(zhǎng)度劃□一的配對(duì)正反向序列變得讀長(zhǎng)長(zhǎng)度紛歧，也即是形成ｓ○ingｌ e－end 讀長(zhǎng)，因?yàn)楸葘?duì)法式無 ○法識(shí)別是非紛歧的讀長(zhǎng)，故必要把它們與成家讀○長(zhǎng)（paiｒｄ－ｅnd reaｄ■s★）離開照料?全外顯子組測(cè)序遺傳病檢測(cè)。然后外 顯子捕捉測(cè)序的 道理，將預(yù)照料后天生的數(shù)據(jù)輸入到ＢWA[7]■中尊龍凱時(shí)，與參考序列（GRCH7）舉行比對(duì)。由于B△ＷＡ無法同時(shí)照料Pａrｉeｄ-end讀長(zhǎng)和ｓingle-end讀長(zhǎng)，故必要用“saｍｐe”和“saｍｓe”兩種算法劃分運(yùn)算，尊龍凱時(shí)最一生成 二進(jìn)制序 列比 對(duì) / ○圖■ 譜 ?■文獻(xiàn)（Biｎ○aｒｙ SA M★■）。鑒于經(jīng)非對(duì)稱 裝扮后形成的singlｅ▽-e○ｎｄ讀長(zhǎng)對(duì) 下逛的數(shù)據(jù)闡明能釀成眾大的影響還不睬解，咱們…將經(jīng)歷預(yù)照料事后的數(shù)據(jù)分■為paireｄ-＆ｓiｎｇle-end組（pse）（運(yùn)用Ｐｉcａrd［８]“MeｒgeSam=Fｉles”整合SAM文獻(xiàn))和pａired-eｎd組（pe）劃分闡明。

　　BWＡ正在舉行比□對(duì)□ 時(shí)難以避免會(huì)形○成 差池，越發(fā)正在插入和缺失變異（Ｉndel）的片斷…周遭。若不舉行校正             外顯子捕捉測(cè)序的道理尊龍凱時(shí)，這些差池很容 易被△誤以為是ＳNＶ。運(yùn)用 GAＴK[4]（v１。6）Ｒｅalｉgn eｒTarge tＣreator對(duì)這些區(qū)段 舉 行當(dāng)?shù)鼗乇?。尊龍凱時(shí)